El INVEMAR, ha diseñado el Modelo Integrado de Gestión Organizacional (MIGO), en el cual interactúan 4 sistemas de gestión: El Sistema de Gestión de la Seguridad, Salud en el Trabajo y ambiente (SSTA), El Sistema de Gestión de Calidad (SGC), El Sistema de Control Interno y el Sistema de Gestión de la información, el conocimiento y la innovación.